1、交易方式不同：A股是属于竞价交易，新三板是属于做市交易和协议交易。
2、交易场所不同：新三板个股只能在新三板市场上交易，不能在A股市场上交易，因此，投资者无法在A股市场上交易新三板个股。
3、上市条件不同：对于新三板的个股来说，其在新三板上市的条件，比在A股上市的条件要宽松一些。
4、打新规则不同：对于A股市场上的打新来说是无需冻结资金的，只需要投资者在中签之后交纳足够的资金就可以了。然而投资者进行新三板的股票打新是需要冻结资金的，新三板采取全额缴付申购资金的方式，即投资者在申购前，应将申购资金足额存入其在证券公司开立的资金账户，待获配股数确定后将退回多缴款项。
交易A股的费用：
1、佣金：不超过成交金额的0.3%，起点5元（双向收费）；
2、印花税：成交金额的0.1%（卖出方缴纳）；
3、过户费：成交金额的0.02‰（沪市双向收取，深市包含在佣金费用内）。