1、发行主体、发行对象和发行目的不同
交易所设计的股票期权是为了提供一种避险工具而向公众发行的，而认股权是公司为了激励员工而向员工发行的。
2、期限不同
股票期权的期限一般较短，短则几个月，长不过一年。作为一种长期激励制度，认股权的期限一般较长，短的有几年，长的可达十年或以上。
3、流通性不同
股票期权在交易所可自由流通，其到期行权的比例大大小于转让的比例。而除个人死亡、完全丧失行为能力等情况外，认股权只能行权而不能转让。
4、摊薄性不同
股票期权不具摊薄性，而认股权行权时，来源于新发行的股票则有摊薄效应。
认股权的本质：认股权是股票期权的概念运用到企业管理中衍生出来的。从本质上看，认股权是一种看涨股票期权，期权的买方为员工，期权的卖方为发行公司。认股权和作为衍生金融工具在交易所交易的股票期权有诸多相同之处，他们的持有者均没有参与管理的权力、分得胜利的权力、分得其他剩余财产的权力。